Gombafajok azonosítása DNS segítségével

Fotó: Benjamin Stielow (Fungal Barcoding Consortium)

Kutatásuk során azt vizsgálták, melyik DNS szakasz használható a legjobban a gombák fajszintű azonosítására. A konzorcium munkájában, Magyaroszágról a Szegedi Tudományegyetem Mikrobiológiai Tanszékének kutatói is részt vettek.

Az Amerikai Tudományos Akadémia folyóirata, a Proceedings of National Academy of Sciences 2012. április 17-i kiadásának már címlapfotója is a gombák DNS univerzális „vonalkódját” bemutató közleményre hívja fel a figyelmet, melynek szerzői között van az ELTE két kutatója is.

A valódi gombákat szinte teljesen lefedő vizsgálatnál elengedhetetlen volt, hogy az adatok pontosan meghatározott, jól azonosított fajokból származzanak, méghozzá úgy, hogy egy-egy nemzetséget több jól elkülöníthető faj, és egy fajt több példány reprezentáljon. A vizsgálatban több lókusz (génhely) összevetése történt meg. A szekvenciák fajazonosítási potenciálján túl technikai szempontokat is vizsgáltak, például hogy mennyire általánosan és könnyen szaporítható az adott szakasz, ami egy hivatalos, általános DNS „vonalkódnál” fontos elvárás. Az eredmények alapján a sejtmagi riboszómális RNS génkomplex (nrDNS) ITS szakaszát jelölték ki mint a gombák univerzális DNS vonalkódját.

A tanszék kutatási profiljába szervesen illeszkedő MEN(S)AA (Mycorrhizal and ENdophytic fungi of (Semi)Arid Areas) csoport Kovács M. Gábor irányításával (fél)száraz területek nem-patogén gyökérkolonizáló gombáinak diverzitási-specificitási viszonyait kutatja, több forrás mellett elsősorban az OTKA támogatásával. A munkák részét képezi egyes sivatagi szarvasgomba csoportok vizsgálata is, ezek során számos új nemzetséget és fajt rendszereztek. A „vonalkód” kutatásokhoz a mediterrán régióban és a Közel-Keleten gyakori, Terfezia nemzetségbe tartozó sivatagi szarvasgombákon folytatott vizsgálat kapcsolódott. Ez a nemzetség azért is érdekes, mert egyes leszármazási vonalaiban az nrDNS ITS régiója nagyfokú egyeden belüli variabilitást mutat – ezt korábban szintén a MEN(S)AA csoportban igazolták –, így példaként szolgál az ITS vonalkód használatának egyes problémáira is.

Forrás: ELTE