Különleges genomikai eredmény a Debreceni Egyetemről

Az erről szóló publikáció a Nature lapcsalád szakfolyóiratában, a Scientific Data-ban jelent meg. A minta begyűjtésétől, a DNS kivonásán át az adatok generálásáig, majd a bioinformatikai analízisig mindent a DE berkein belül készítettek el.
A közlemény szerint 2020-ban vágott bele az egyetem kutatócsapata abba a munkába, amelynek a végeredményéhez hasonlót eddig még soha senki nem produkált hazánkban. Az első, Magyarországon összeszerelt nem-modell növényfaj genomjának (teljes bázissorrendjének) rekonstruálása és leírása egyedülálló a maga nemében.
„A növény genomjának jellemzését végeztük el, ami azért fontos, mert az élőlények DNS-e nagyon sok titkot elárul a gazdájukról, minden korábbi módszernél jobban meg tudjuk ítélni a tanulmányozott faj környezeti igényeit, rokonsági kapcsolatait és hogy mekkora genetikai tartalékkal rendelkezik. Különböző genomszekvenálási stratégiákat ötvözve igen magas színvonalon tudtuk elvégezni a munkát, így sokkal pontosabb képet alkothattunk a faj teljes genetikai állományáról” – mutatott rá Laczkó Levente, aki az egyetemen működő, kiváló minősítéssel elismert MTA-DE Lendület Evolúciós Genomikai Kutatócsoport tagjaként vállalt oroszlánrészt a genom karakterizációjában.
„A világ számára mindez azért fontos, mert egyre inkább felismerjük, hogy mi is részei vagyunk ugyanannak az ökoszisztémának, amelyben a minket körülvevő élőlényekkel élünk. Ezért is szeretnénk azt részletesen megismerni, hogy milyen az élőlények állapota az adott környezetben, ami a mi jóllétünket is befolyásolhatja” – hívta föl  a figyelmet Laczkó Levente.
Sramkó Gábor, a kutatócsoport irányítója kiemelte: a minta begyűjtésétől a DNS kivonásán át, az adatok generálásáig, majd a bioinformatikai analízisig mindent házon belül csináltak. „Egyik folyamat során sem kellett igénybe vennünk egy gyakorlott külföldi szakember segítségét, ami arra utal, hogy Debrecenben képesek lehetünk betölteni azt az űrt, amely hazánkban nem-modell szervezetek genom összeszerelésének tekintetében megfigyelhető: nagyon kevesen értenek ahhoz, miként is kell a nulláról összerakni egy genomot” – magyarázta.
„A legtöbb állathoz képest a növények kifejezetten nagy kihívást jelentenek ebben a tekintetben. Magyarországon jelenleg még nincs meg az a szakembergárda, amely ezt magabiztosan meg tudná csinálni, ám egyetemünk úttörő lehet ezen a téren” – fűzte hozzá a szakember megemlítve, hogy szintén a Debreceni Egyetemen rakták össze elsőként hazánkban egy nem-modell állatfaj, a nagyfejű csajkó genomját.